Истечение срока исковой давности по обязательству, связанному с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), не влечет каких-либо последствий в части НДС, поскольку право на вычет «входного» НДС возникает после принятия к учету приобретенных товаров (работ, услуг) при наличии правильно оформленного счета-фактуры контрагента и при условии, что приобретенные товары (работы, услуги) предназначены для использования в облагаемых НДС операциях (п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ).
Перечень ситуаций, когда принятый к вычету «входной» НДС налогоплательщику необходимо восстановить к уплате в бюджет, установлен п. 3 ст. 170 НК РФ. Этот перечень является закрытым и рассматриваемая ситуация в нем не упомянута. Следовательно, при списании кредиторской задолженности в связи с истечением срока исковой давности восстанавливать НДС, принятый к вычету по приобретенным товарам (работам, услугам), оснований не имеется (Письмо Минфина России от 21.06.2013 N 03-07-11/23503).
На заметку: при списании кредиторской задолженности покупатель на дату истечения срока исковой давности учитывает в доходах всю сумму кредиторской задолженности - без уменьшения ее на принятый ранее к вычету «входной» НДС.