1) Вправе ли в составе комиссии по закупкам принимать участие лица, не состоящие в штате организации которая проводит данную закупку? 2) Имеются ли основания для отмены протокола в связи с тем что подписан членами комиссии не состоящие в штате организации?

1) Да, вправе.
При этом, для создания и обеспечения деятельности комиссии по осуществлению закупок заказчику необходимо определить вид комиссии, сформировать и утвердить ее состав (в том числе назначить председателя), установить порядок работы (ч. 2, 3 ст. 39 Закона N 44-ФЗ).
Необходимость принятия решения о создании комиссии по осуществлению закупок следует из ч. 2 ст. 39 Закона N 44-ФЗ. На практике такое решение оформляется приказом Путеводитель по контрактной системе в сфере закупок. Комиссия по осуществлению закупок {КонсультантПлюс}
2) Такие основания 44-ФЗ не предусмотрены.

В соответствии с частью 5 статьи 39 Закона N 44-ФЗ заказчик включает в состав комиссии преимущественно лиц, прошедших профессиональную переподготовку или повышение квалификации в сфере закупок, а также лиц, обладающих специальными знаниями, относящимися к объекту закупки.
Согласно части 6 статьи 39 Закона N 44-ФЗ членами комиссии не могут быть физические лица, которые были привлечены в качестве экспертов к проведению экспертной оценки конкурсной документации, заявок на участие в конкурсе, осуществляемой в ходе проведения предквалификационного отбора, оценки соответствия участников конкурса дополнительным требованиям, либо физические лица, лично заинтересованные в результатах определения поставщиков (подрядчиков, исполнителей), в том числе физические лица, подавшие заявки на участие в таком определении или состоящие в штате организаций, подавших данные заявки, либо физические лица, на которых способны оказать влияние участники закупки (в том числе физические лица, являющиеся участниками (акционерами) этих организаций, членами их органов управления, кредиторами указанных участников закупки), либо физические лица, состоящие в браке с руководителем участника закупки либо являющиеся близкими родственниками (родственниками по прямой восходящей и нисходящей линии (родителями и детьми, дедушкой, бабушкой и внуками), полнородными и неполнородными (имеющими общих отца или мать) братьями и сестрами), усыновителями руководителя или усыновленными руководителем участника закупки, а также непосредственно осуществляющие контроль в сфере закупок должностные лица контрольного органа в сфере закупок.
Иных исключений Законом N 44-ФЗ не предусмотрено.
Таким образом, заказчик вправе включать в состав комиссии по осуществлению закупок лицо, не состоящее в трудовых отношениях с заказчиком (Вопрос: О лицах, включаемых заказчиком в состав комиссии по осуществлению закупок. (Письмо Минэкономразвития России от 17.03.2016 N Д28и-634) //СПС КонсультантПлюс).