Может ли при допросе свидетеля (сотрудника) в налоговой инспекции в рамках проведения плановой налоговой проверки присутствовать генеральный директор?  

Конституция РФ гарантирует каждому право на получение квалифицированной юридической помощи (ч. 1 ст. 48). Разумеется, этим правом может воспользоваться и свидетель. Поэтому на допрос в налоговую инспекцию он может прийти, например, с адвокатом или юристом компании.
Более того, специалисты ФНС России указывают, что в НК РФ нет перечня лиц, которые могут участвовать или присутствовать при допросе (Письмо ФНС России от 31.12.2013 N ЕД-4-2/23706@). То есть в качестве сопровождающего на допрос можно взять с собой кого угодно (например, рядовой сотрудник может взять с собой на допрос руководителя компании и главбуха). И даже доверенность ему не понадобится. Объясняется это тем, что лицо, присутствующее при допросе, не является представителем свидетеля. Но данные о нем в любом случае заносятся в протокол.
В то же время отвечать на вопросы должен именно свидетель, а не сопровождающий, даже если он является адвокатом (Письмо ФНС России от 30.10.2012 N АС-3-2/3920@).
Согласно пп. 12 п. 1 ст. 31 Налогового кодекса РФ налоговые органы вправе вызывать в качестве свидетелей лиц, которым могут быть известны какие-либо обстоятельства, имеющие значение для проведения налогового контроля.
Также, как установлено п. 1 ст. 90 НК РФ, в качестве свидетеля для дачи показаний может быть вызвано любое физическое лицо, которому могут быть известны какие-либо обстоятельства, имеющие значение для осуществления налогового контроля. Показания свидетеля заносятся в протокол.
Необходимо отметить, что НК РФ не определен перечень лиц, которые могут участвовать или присутствовать при допросе.
Данный вывод подтверждается разъяснениями уполномоченных органов. Как указала ФНС России в Письме от 31.12.2013 N ЕД-4-2/23706@, законодательством по налогам и сборам не ограничены права и обязанности лица, сопровождающего гражданина, вызванного повесткой для допроса в налоговый орган в порядке ст. 90 НК РФ.
Схожий вывод содержится также в Письмах ФНС России от 13.09.2012 N АС-4-2/15309, Минфина России от 05.05.2011 N 03-02-07/1-156. Уполномоченные органы отметили, что НК РФ не предусмотрено исключение для вызова в качестве свидетелей работников организации, выездная налоговая проверка которой приостановлена, а также участие представителя налогоплательщика при проведении допроса свидетеля.
Таким образом, свидетель, вызванный на допрос в рамках проведения выездной налоговой проверки, вправе давать показания в присутствии и иных лиц, поскольку запрет на присутствие третьих лиц при допросе свидетеля налоговым законодательством не установлен.