Допускается ли увеличение цены контракта, заключенного с единственным поставщиком (цена контракта 99000) на 10 %, если измененная цена контракта превысит 100 тыс. руб.?

Недопустимо, поскольку пунктом 4  части 1 статьи 93 Закона N 44-ФЗ установлены ограничения на стоимость заключаемого государственного контракта, после внесения изменений в государственный контракт итоговая стоимость контракта не может превышать лимитов, установленных пунктом 4 части 1 статьи 93 Закона N 44-ФЗ.
Таким образом, изменения в части цены могут быть внесены в контракты, заключенные на основании пункта 4  части 1 статьи 93 Закона N 44-ФЗ, в рамках лимитов, предусмотренных данными пунктами указанной статьи (Письмо Минэкономразвития России от 22.06.2016 N Д28и-1690).