Как учреждению рассчитать пропорцию для ведения раздельного учета «входного» НДС

При расчете пропорции «входного» НДС учреждение должно учитывать субсидию на выполнение госзадания. Вывод АС Дальневосточного округа согласуется с мнением Минфина России (Письмо  от 04.04.2016 N 03-07-11/18785): правило ведения раздельного учета «входного» НДС применяется, когда налогоплательщик осуществляет в том числе операции, не признаваемые объектом обложения этим налогом. Позиция ведомства основывается на подходе ВАС РФ 2011 года. Минфин России не раз рассматривал вопрос о применении правила о раздельном учете НДС. В одном из разъяснений ведомство, ссылаясь на позицию ВАС РФ 2011 года, указало: это правило касается случаев, когда налогоплательщик осуществляет одновременно как облагаемые, так и не облагаемые НДС операции по любым основаниям, предусмотренным главой 21 НК РФ. Подход ВАС РФ разделяют КС РФ и ФНС России.
Учреждение при осуществлении операций, как облагаемых, так и не облагаемых НДС, для определения размера НДС, который можно принять к вычету, должно вести раздельный учет. Рассчитывая пропорцию в общей стоимости отгруженных товаров, выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав, нужно учитывать субсидию, поступившую учреждению на выполнение госзадания.