Организация применяет УСН. В штате до 5 сотрудников, при этом, единственный учредитель (акционер) являющийся и Генеральным директором зарегистрирован и осуществляет трудовую деятельность по месту нахождения обособленного подразделения в другом субъекте РФ, где зарегистрировано само юридическое лицо по юр.адресу. В этом же подразделении работает и главный бухгалтер. Большинство сделок приходится от обособленного подразделения. Вопрос: существуют ли риски со стороны налоговых органов переквалификации такого обособленного подразделения в статус филиала и, соответственно, отмены УСН и доначисления налогов (НДС и налог на прибыль)?

Главное

Ведение деятельности через ОП не является препятствием для применения УСН, если подразделению не придан статус филиала.

Риски, как правило,  возникают в обратной ситуации - когда создание филиала ограничивается лишь формальным внесением сведений о нем в учредительные документы (ЕГРЮЛ) и не сопровождалось реальным намерением осуществлять деятельность,  а лишь с целью  перехода с УСН на ОСНО.  

{"Обзор практики рассмотрения судами дел, связанных с применением глав 26.2 и 26.5 Налогового кодекса Российской Федерации в отношении субъектов малого и среднего предпринимательства" (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 04.07.2018) {КонсультантПлюс}}

Судебная практика по возможности переквалификации налоговыми органами ОП в филиал не найдена. 

Вопрос: О применении УСН при создании организацией обособленных подразделений, в том числе филиалов. (Письмо Минфина России от 19.12.2019 N 03-11-11/99464) {КонсультантПлюс}

Филиалы должны быть указаны в едином государственном реестре юридических лиц (далее по тексту также - ЕГРЮЛ) (пункт 3 статьи 55 Гражданского кодекса Российской Федерации; пункт 5 статьи 5 Федерального закона от 08 февраля 1998 года N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью").

С момента уведомления организацией регистрирующего органа о закрытии филиала данное обстоятельство становится юридически значимым для третьих лиц и для целей налогообложения

{Постановление Арбитражного суда Московского округа от 30.05.2022 N Ф05-10979/2022 по делу N А40-179162/2021 {КонсультантПлюс}}

Организация несет риск последствий неполучения юридически значимых сообщений, доставленных по адресу, указанному в ЕГРЮЛ, а также риск отсутствия по указанному адресу своего органа или представителя. Сообщения, доставленные по адресу, указанному в ЕГРЮЛ, считаются полученными юридическим лицом, даже если оно не находится по указанному адресу (п. 3 ст. 54, п. 1 ст. 165.1 ГК РФ).

Если представитель находится по юридическому адресу, рисков нет.