Не позднее пяти календарных дней со дня получения аванса надо составить в двух экземплярах авансовый счет-фактуру. Один экземпляр этого счета-фактуры передается покупателю, а второй - регистрируется в книге продаж (п. 3 ст. 168 НК РФ).
В Письме рассмотрена ситуация: стоимость услуг составляет 99 руб. 99 коп., а покупатель оплачивает их стоимость в сумме 100 руб. Лишнюю копейку поставщик не возвращает, а учитывает как аванс в счет будущих поставок. Но НДС с такой суммы будет меньше копейки, а в счете-фактуре, книге продаж и разд. 9 декларации по НДС стоимостные показатели учитываются в рублях и копейках.
Поэтому выставление счета-фактуры в этом случае будет нецелесообразно – таков вывод ФНС в данной ситуации.
На заметку: максимальный аванс, с которого можно не выставлять счет-фактуру, равен 3 копейкам (для ставки НДС 18%). НДС с 3 коп. равен 0,46 коп. (3 коп.*18/118). Он округляется до нуля, поэтому счет-фактуру можно не выставлять. Начиная с аванса в 4 коп. счет-фактуру безопаснее будет выставить. НДС с такой предоплаты уже будет равен 0,61 коп. (4 коп.*18/118). Он округляется до 1 коп., и счет-фактуру на аванс уже надо выставить.