Если госслужащий не использовал свое право на санаторно-курортное лечение и получил за это компенсацию от работодателя, то такая выплата облагается НДФЛ. Такой вывод можно сделать из Письма ФНС России от 25.09.2015 N БС-4-11/16812.
Ведомство поясняет, что в данном случае не применяется п. 9 ст.217 НК РФ. Ведь в нем идет речь о денежной компенсации за приобретенную путевку на санаторно-курортное лечение для физических лиц (т.е. только в случае приобретения путевки).
Таким образом, если право на санаторно-курортное лечение не использовано, то такая компенсация облагается НДФЛ.
На заметку: по мнению контролирующих органов, производимые выплаты в виде компенсации стоимости путевок на санаторно-курортное лечение работникам организаций сектора государственного управления и (или) членам их семей освобождаются от обложения НДФЛ на основании п. 9 ст. 217 НК РФ только в случае документального подтверждения целевого использования. При отсутствии такого документального подтверждения теряется целевой характер данных выплат и они подлежат обложению НДФЛ на общих основаниях (Письма Минфина России от 18.02.2013 N 03-04-06/4212, от 26.12.2012 N 03-04-06/6-369, ФНС России от 18.12.2012 N ЕД-4-3/21567@, от 05.12.2011 N ЕД-3-3/4001@).
Полный текст документа смотрите в СПС КонсультантПлюс