1. Не имеется ли противоречий в том, что, согласно ФЗ-44, ст. 41 часть 2. к проведению экспертизы в случаях, предусмотренных настоящим Федеральным законом, не могут быть допущены: 1) физические лица: а) являющиеся либо в течение менее чем двух лет, предшествующих дате проведения экспертизы, являвшиеся должностными лицами или работниками заказчика, осуществляющего проведение экспертизы, либо поставщика (подрядчика, исполнителя); и в тоже время ФЗ-44 ст. 94 часть 3 "......Экспертиза результатов, предусмотренных контрактом, может проводиться заказчиком своими силами или к ее проведению могут привлекаться эксперты, экспертные организации на основании контрактов, заключенных в соответствии с настоящим Федеральным законом", т.е., по сути, одна статья ФЗ-44 говорит, что работники Заказчика не могут быть экспертами, а другая - что Заказчик может повести экспертизу своими силами, т.е. используя  своих работников?! 2. Кто может быть экспертом у Заказчика, когда он проводит экспертизу своими силами, чтобы результаты такой экспертизы потом не оспорили? Есть ли четкий запрет на привлечение работников Контрактной службы Заказчика, в качестве экспертов?

1. Данные нормы друг другу не противоречат, поскольку в ст. 41 44-ФЗ  речь идет о экспертизе, проводимой не силами заказчика, а с привлечением экспертов и экспертных организаций (независимая экспертиза) и, соответсвенно, установлен запрет на аффилированность лиц. В случае, если заказчик проводит экспертизу своими силами, то вправе привлечь в качестве эксперта любое должностное лицо.
"Законом о контрактной системе установлены требования к экспертам и экспертным организациям. Так, к проведению экспертизы не могут быть допущены физические лица, являющиеся либо в течение менее чем двух лет, предшествующих дате проведения экспертизы, являвшиеся должностными лицами или работниками заказчика, осуществляющего проведение экспертизы, либо поставщика (подрядчика, исполнителя) (подп. "а" п. 1 ч. 2 ст. 41 Закона о контрактной системе)"(Статья: Контрактная система - новации законодательства (Куличев Р.Б.) ("Право и экономика", 2013, N 6), СПС КонсультантПлюс).
2. В соответствии с частью 3 статьи 94 Закона N 44-ФЗ для проверки предоставленных поставщиком (подрядчиком, исполнителем) результатов, предусмотренных контрактом, в части их соответствия условиям контракта заказчик обязан провести экспертизу. Экспертиза результатов, предусмотренных контрактом, может проводиться заказчиком своими силами, или к ее проведению могут привлекаться эксперты, экспертные организации на основании контрактов, заключенных в соответствии с Законом N 44-ФЗ.
В соответствии с частью 6 статьи 94 Закона N 44-ФЗ по решению заказчика для приемки поставленного товара, выполненной работы или оказанной услуги, результатов отдельного этапа исполнения контракта может создаваться приемочная комиссия, которая состоит не менее чем из пяти человек.
Таким образом, создание приемочной комиссии является правом заказчика, а не обязанностью. Экспертом при проведении экспертизы силами заказчика может быть любое должностное лицо заказчика (Письмо Минэкономразвития России от 22.11.2016 N ОГ-Д28-13233).
Следовательно, 44-ФЗ не установлено ограничений в качестве привлечения работника контрактной службы в качестве эксперта. Это может быть любое должностное лицо заказчика.