По общему правилу если в течение года налоговый агент не имел возможности удержать у физлица исчисленную сумму НДФЛ, то он должен не позднее 1 марта следующего года письменно уведомить об этом налоговый орган и данное физлицо (п. 5 ст.226 НК РФ).
В Письме от 24.04.2019 N БС-3-11/4119@ ФНС рассмотрела ситуацию: работодатель в 2019 году обнаружил, что в 2018 году с выплаты работнику не был удержан НДФЛ. При этом данный работник продолжает работать в этой организации.
Ведомство разъяснило, что в данном случае правила п. 5 ст. 226 НК РФ не применяются, так как организация имела возможность удержать НДФЛ в течение 2018 года при выплате работнику дохода, но не сделала этого.
Поэтому организация после выявления факта неудержания налога обязана удержать НДФЛ при выплате текущих доходов в денежной форме и перечислить его в бюджет. Также ей необходимо представить уточненную отчетность по НДФЛ за 2018 год (форму 6-НДФЛ и справку 2-НДФЛ).
На заметку: налогового агента оштрафуют за неудержание НДФЛ, только если при выплате дохода физлицу у него была возможность удержать налог. Если такой возможности не было (например, доход выплачен в натуральной форме), то привлечь его к ответственности нельзя. Но если до конца года такая возможность появилась, а обязанность по удержанию НДФЛ не была исполнена, то налоговому агенту тоже грозит штраф по ст. 123 НК РФ (п. 21 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57).