По договору эквайринга на р/с поступает сумма за минусом комиссии банка. С какой суммы платить налог при УСН?

При оплате покупателем товаров (работ, услуг) посредством платежных банковских карт, деньги на ваш расчетный счет переводит банк, который обслуживает карту. При этом, как правило, из суммы платежа он удерживает комиссию за услугу по организации расчетов с помощью пластиковых карт между покупателями и продавцами (эквайринг) (п.1 ст.851 ГК РФ, п. 1.9 Положения N 266-П).
В доходах в целях налогообложения вы признаете полную стоимость реализованных товаров (работ, услуг), которую оплатил покупатель. Уменьшать ее на сумму комиссии банка не нужно, причем независимо от того, какой объект налогообложения вы применяете.
Дело в том, что выручка от реализации товаров (работ, услуг) определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами по ним. Она является доходом от реализации, который учитывается "упрощенцами" (абз.2 п.1 ст.346.15, п.1 ст.249 НК РФ).
А сумма комиссии банка является вашими затратами на оплату услуг кредитной организации. Поэтому ее вы можете учесть в расходах на основании пп.9 п.1 ст.346.16 НК РФ, если применяете УСН с объектом налогообложения "доходы минус расходы".
Если же вы работаете на УСН с объектом налогообложения "доходы", то учесть расходы на комиссию банка вы не вправе (п.1 ст.346.18 НК РФ).
На заметку: оплату за товары (работы, услуги) по платежной банковской карте вы признаете доходом на дату поступления денежных средств на ваш расчетный счет. Основание - п.1 ст.346.17 НК РФ.