Организация выдала бессрочный беспроцентный заем генеральному директору. При возврате займа нужно уплачивать какие либо налоги? Можно ли это считать материальной выгодой?

С точки зрения налогового законодательства у организации не возникает налоговых последствий в части НДС и налога на прибыль, тело займа не учитывается ни в расходах при его выдаче, ни в доходах при его возврате.  У ген.директора при получении беспроцентного займа возникает материальная выгода, соответственно, у организации возникает обязанность по удержанию НДФЛ с материальной выгоды.
НДФЛ с материальной выгоды надо платить, если вы выдали работнику или взаимозависимому физлицу беспроцентный заем или заем по ставке меньше 2/3 ставки рефинансирования. Ставку рефинансирования берите и матвыгоду и НДФЛ с нее рассчитывайте на последнее число каждого месяца пользования займом (пп. 1 п. 1, пп. 1 п. 2 ст. 212, пп. 7 п. 1 ст. 223 НК РФ).
Ставка НДФЛ с матвыгоды - 35 проц.
Срок уплаты НДФЛ с матвыгоды - следующий рабочий день после удержания. Удержать налог надо при ближайшей выплате денег заемщику. Если до конца года вы ничего ему не заплатите, сдайте в ИФНС справку 2-НДФЛ с признаком 2 (п. п. 4, 5, 6 ст. 226 НК РФ).
Рассчитать сумму матвыгоды от экономии на процентах поможет калькулятор - http://glavkniga.ru/calculators/ndfl_from_lucre_2016.
Денежные средства, передаваемые по договору займа, к расходам заимодавца не относятся (п. 12 ст. 270 НК РФ).
Сумма денежных средств, полученных в счет погашения займа, не является доходом заимодавца (пп. 10 п. 1 ст. 251 НК РФ).
Чтобы рассчитать материальную выгоду при беспроцентном займе, нужно посчитать сумму процентов исходя из 2/3 ставки рефинансирования Банка России. Полученная сумма и будет признаваться доходом в виде материальной выгоды. Это следует из анализа пп. 1 п. 1, пп. 1 п. 2 ст. 212 НК РФ. Рассчитать материальную выгоду можно по следующей формуле:
Материальная выгода=Сумма займа*2/3 ставки рефинансирования* Количество дней пользования займом в месяце/365(366) дней
В данном случае материальной выгодой будет признаваться облагаемый доход, исчисленный исходя из 2/3 ставки рефинансирования.
НДФЛ с материальной выгоды при экономии на процентах за пользование беспроцентным займом, выданным в рублях, рассчитывается на последнее число каждого месяца по следующей формуле (пп. 1 п. 1, пп. 1 п. 2 ст. 212, пп. 7 п. 1 ст. 223, п. п. 2, 3 ст. 224 НК РФ, Письмо Минфина России от 25.11.2016 N 03-04-06/70043):
НДФЛ = Сумма займа*2/3 ставки рефинансирования*Количество дней пользования займом в месяце/365(366) дней*НДФЛ: налоговый резидент РФ: 35%; налоговый резидент РФ: 30%.