Централизованный расчет зарплаты и налоги: разъяснения ФНС для организаций с обособленными подразделениями

В Письме от 26.09.2025 N БВ-17-11/2553@ ФНС разъяснила порядок уплаты НДФЛ и налога на прибыль для организаций с обособленными подразделениями, в которых применяется централизованный учет и расчет заработной платы.

Налог на прибыль

Согласно ст. 288 НК РФ, организации с обособленными подразделениями обязаны уплачивать региональную часть налога на прибыль (включая авансовые платежи) не только по месту нахождения головного офиса, но и по месту каждого обособленного подразделения. При этом основой для такого распределения является доля прибыли, приходящаяся на каждое подразделение.

Доля рассчитывается как средняя арифметическая величина двух показателей:

1. Удельный вес среднесписочной численности работников (или расходов на оплату труда) обособленного подразделения в общем количестве работников (или расходов на оплату труда) всей организации.

2. Удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества обособленного подразделения в общей остаточной стоимости амортизируемого имущества организации.

Отмечается, что для корректного определения этих удельных весов необходимо исходить из фактических показателей. Это означает, что амортизируемое имущество учитывается по тому подразделению, где оно фактически используется для получения дохода, независимо от того, на чьем балансе оно числится. Аналогичный подход применяется и к расчету удельного веса среднесписочной численности или расходов на оплату труда.

Таким образом, ФНС подчеркивает: даже если начисление и выплата зарплаты полностью централизованы в головной организации, это никак не отменяет и не изменяет установленный порядок распределения налога на прибыль между бюджетами субъектов РФ.

НДФЛ

ФНС напоминает, что организация, имеющая обособленное подразделение, поставленное на учет в налоговом органе по своему месту нахождения, обязана перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ в бюджет по месту учета именно этого обособленного подразделения. Это правило действует для всех доходов, начисленных и выплаченных работникам данного подразделения.

Перечисление НДФЛ по месту регистрации головной организации с доходов сотрудников обособленных подразделений, расположенных в других регионах, прямо противоречит положениям НК РФ.

ФНС также особо отмечает, что любые внутренние нормативно-распорядительные документы организации (приказы, положения и другие ЛНА) не могут изменять установленный законодательством порядок исчисления и уплаты НДФЛ с доходов работников обособленных подразделений.

На заметку: сложные вопросы исчисления и уплаты НДФЛ по обособленным подразделениям рассмотрены в Готовом решении в СПС КонсультантПлюс.