При продаже товаров через маркетплейс НДС начисляется с выручки от реализации товаров. При реализации товаров по договору комиссии базой по НДС у комитента признается стоимость товаров, по которой комиссионер реализует их покупателю (подп. 1 п. 1 ст. 146, п. 1 ст. 154 НК РФ, Письма Минфина России от 15.06.2021 N 03-07-11/46824, от 28.12.2020 N 03-07-14/114700).
Налоговая база определяется на наиболее раннюю из дат (п. 1 ст. 167 НК РФ):