Высокая доля вычетов по НДС: когда налоговые органы вправе требовать пояснения и как реагировать

В Консультации от 26.11.2025 эксперт регионального УФНС разъяснил порядок действий при получении требования от налогового органа в связи с «превышением рекомендованного значения налоговых вычетов» в декларации по НДС.

Отмечается, что при проведении камеральной налоговой проверки налоговой декларации налоговый орган в определенных случаях обязан требовать представить пояснения или внести исправления в декларацию, а налогоплательщик обязан исполнить указанные требования (п. 3 ст. 88 НК РФ). Хотя превышение «рекомендованного» значения вычетов само по себе не является ошибкой, оно сигнализирует о потенциальных расхождениях, требующих уточнения.

При этом в ситуации, когда требование касается именно превышения «рекомендованного» значения вычетов (а не прямо выявленных ошибок или противоречий), прямая обязанность налогоплательщика представить пояснения в НК РФ не установлена. Однако это не означает, что такое требование можно игнорировать.

Эксперт обращает внимание, что представление пояснений в интересах налогоплательщика, так как своевременные и аргументированные пояснения могут снять все вопросы у налогового органа, предотвратив доначисления и штрафы.

Высокая доля вычетов является одним из ключевых критериев отбора компаний для проведения выездных налоговых проверок. Представление убедительных пояснений существенно снижает вероятность включения организации в план таких проверок.

Значимость ответа на такие требования подчеркивает и судебная практика. В Определении Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда РФ от 30.10.2025 N 309-ЭС25-6656 по делу N А47-7677/2024 указано, что:

- при осуществлении контрольных мероприятий налоговый орган при сомнениях в правильности уплаты налогов обязан истребовать необходимую информацию;

- риск негативного результата проверки (доначислений и штрафов) возлагается на налогоплательщика, не представившего пояснения и необходимые для проверки документы и, как следствие, не устранившего сомнения в правильности и достоверности данных, отраженных в налоговой декларации.

Эксперт напоминает: если доля вычетов по НДС от суммы начисленного с налоговой базы налога равна либо превышает 89% за период 12 месяцев, то эта ситуация является сигналом для возможного назначения выездной налоговой проверки.

При этом налоговое законодательство не содержит такого понятия, как «допустимая доля вычетов по НДС». Высокая доля вычетов сама по себе не признается налоговым правонарушением, поскольку применение налоговых вычетов является законным правом налогоплательщика (п. 1 ст. 171 НК РФ).

Соответствие критерию 89% лишь указывает на повышенный риск включения налогоплательщика в план выездных налоговых проверок, но не влечет за собой неблагоприятных правовых последствий автоматически.

На заметку: даже если доля вычетов у налогоплательщика находится в пределах так называемых «безопасных» значений, это не означает, что налоговые органы не включат его в план выездных проверок, так как доля вычетов - лишь один из критериев налоговых рисков (разделы 3 и 4 Концепции системы планирования выездных налоговых проверок и Общедоступные критерии самостоятельной оценки рисков, утвержденные Приказом ФНС России от 30.05.2007 N ММ-3-06/333@). Размеры безопасной доли вычетов по НДС в субъектах РФ приведены в Справочной информации в СПС КонсультантПлюс.