Раздельный учет «входного» НДС надо вести, если есть облагаемые и не облагаемые НДС операции (ст. 170 НК РФ).
Если по НДС применяются общеустановленные ставки (в том числе при УСН), раздельный учет налога ведется на субсчетах к счету 19 или в самостоятельно разработанных регистрах налогового учета. Это нужно для правильного применения вычетов и формирования налоговой базы по налогу на прибыль (налогу при УСН).