Отношения с самозанятыми признаны трудовыми с доначислением организации НДФЛ: можно ли зачесть уплаченный самозанятыми НПД в счет недоимки по НДФЛ

При признании договора с самозанятым трудовым организации грозят доначисление НДФЛ, страховых взносов и штраф по ст. 5.27 КоАП РФ (Информация ФНС от 26.11.2019.).

В Консультации от 26.06.2026 эксперт МИ ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам N 3 рассмотрел следующую ситуацию: организация взаимодействовала с самозанятыми, которые фактически состояли с ней в трудовых правоотношениях. По результатам камеральной проверки формы 6-НДФЛ вынесено решение о привлечении организации к ответственности за совершение налогового правонарушения по ст. 123 НК РФ. Возникает вопрос о возможности уменьшения доначисленной суммы НДФЛ на сумму НПД, исчисленного и уплаченного указанными физическими лицами.

Эксперт разъясняет, что в случае переквалификации налоговым органом гражданско-правовых договоров в трудовые договоры по итогам налоговой проверки налоговый агент не получает право распоряжаться по своему усмотрению денежными средствами, выплаченными в качестве дохода физическому лицу - самозанятому (п. 8 Обзора правовых позиций, отраженных в судебных актах КС РФ и ВС РФ принятых в первом квартале 2025 года по вопросам налогообложения). Суммы НПД, уплаченные самозанятыми, могут быть скорректированы только ими самими в случае возврата денежных средств, полученных в счет оплаты или некорректного ввода таких сведений (ч. 4 ст. 8 Федерального закона от 27.11.2018 N 422-ФЗ).

ВС РФ отметил, что налоговый орган должен информировать самозанятых об ошибочном исчислении ими НПД. Возникшая в результате корректировки переплата по НПД (положительное сальдо ЕНС) находится в распоряжении физического лица и подлежит возврату только по его заявлению. Поэтому эта переплата налога не может быть произвольно зачтена в счет уплаты НДФЛ в отсутствие соответствующего волеизъявления плательщика НПД, что не исключает права налогоплательщиков в добровольном порядке распорядиться данной суммой в счет исполнения соответствующих обязательств налогового агента. В условиях нарушения указанного порядка уплаченная самозанятыми сумма НПД не будет учтена в счет уплаты НДФЛ, что подтверждается судебной практикой.

Так, суды отказывают в праве на учет сумм НПД, уплаченных самозанятыми, в счет погашения недоимки налогового агента по НДФЛ ввиду того, что от самозанятых не поступили ответы на уведомления налогового органа о возможной переплате НПД, налоговым органом не получено от самозанятых волеизъявление на зачет уплаченного ими НПД в счет доначислений НДФЛ, аннулирование чеков самозанятыми в установленном порядке не производилось (Постановления Восьмого арбитражного апелляционного суда от 24.03.2026 N 08АП-410/2026 по делу N А70-25527/2023, Восемнадцатого арбитражного апелляционного суда от 25.08.2025 N 18АП-6594/2025 по делу N А76-20897/2023). Также важно отметить, что размер штрафа, предусмотренного ст. 123 НК РФ, не подлежит корректировке с учетом сумм НПД, уплаченных физическими лицами, поскольку штраф начисляется в процентах от суммы налога, подлежащей удержанию и/или перечислению налоговым агентом в бюджет, а не от неуплаченной суммы налога (Определение N 309-ЭС24-20306).

На заметку: снизить риски взаимодействия с самозанятыми поможет алгоритм «Работа с самозанятыми: риски, возможности, документальное оформление» на нашем сайте.